1540-ben Szentkút is török kézre került. A török uralom alatt nehéz idők jártak a kegyhelyen is. Amikor a törökök hangulata kicsit enyhült, kezdtek idemerészkedni a hívek. Bujkálva, lopakodva. Szentkút közelében a régi írások szerint egy fából épített kápolnát említenek, melyet alig használtak. 1542-ben felgyújtották a törökök. Eleinte a búcsújárást is tiltották, később viszont adót szedtek a búcsúsoktól. A gyöngyösi Koós család engedélyt kapott a Szent Kút födelének megjavítására a törököktől, miután a család gyerekei itt gyógyultak meg. A gyöngyösi ferences barátok körmenetet is szerveztek egy írás szerint. "Miután a hatvani török basától kértek és nyertek szabadságot azon Szent Forráshoz való menetelre, mely a verebélyi, vagyis tótverebi pusztában van."
A török uralom után (1526-1686) fellendült a búcsújárás. Almásy János megfelelő körülményeket teremt a búcsújáráshoz. 1705-ben elkészül a kápolna fenn a Kálvária-dombon. Ebből a kápolnából való a fájdalmas kápolna szoborsorozata. A Nagyboldogasszony képet is ebben az időben adják vissza a kegyhelyre a remeték, akik eddig rejtegették.
1756-63 között épült a mai kéttornyú templom Almásy János kegyúr és a búcsúsok adományából. Négy szobát építettek a sekrestye mellé, melynek első lakói remeték voltak.
1772-ben ferencesek költöztek ide. Ők építették tovább a kolostort, a lelkigyakorlatos házat, a búcsús szállásokat, a Lourdesi-i barlangot, a kálváriakápolnát és látták el a lelki gondozást.
II. József idején fürdő épült a patak partján, hogy legyen ürügy a több napos zarándoklatra. Az uralkodó egy napra korlátozta a búcsújárást.
1865-ben Almásy Edmund megépítette az Almásy család elhunytjainak és a gyónóudvar penitencia kápolnáját Nepomuki Szent János, a gyónási titok vértanújának tiszteletére. A Megkötözött kezű Jézus szobra került az oltárára. A mostani Lourdes-i barlang 1932-ben készült el a zarándokok adományaiból.
1933-ban a keresztút végén elkészül a most is látható Kálvária kápolna. A gyóntatóudvarban kápolna épült.

VI. Pál pápa 1970. Április 26-án "Basilica Minor" rangra emelte és teljes búcsút engedélyezett az év minden napjára, vagyis megerősítette XI. Pius által adományozott búcsút, és az Apostoli Szentszék engedélye alapján ezen a kegyhelyen a húsvéti gyónás egész évben érvényesen elvégezhető.
A kegyhely és a kegytemplom a Mennybefelvett Szűzanya: Nagyboldogasszony oltalma alatt áll.